Постоянные и очень важные компоненты всех биогеоценозов заповедников, а также заповедника Бирючий на Азовском море () - грибы.
Территория заповедника покрыта большими площадями лесов. Здесь представлены грибы многих отделов (миксомикотовые, хитридиомикотовые, сапролегниомикотовые, зумикотовые) и многочисленных и разнообразных экологических групп, в частности ксилотрофы, лигнотрофы, копро-трофы, микотрофы, герботрофы, почвенные, водные, микоризные.
Макромицеты прежде всего привлекают внимание своими крупными плодовыми телами. Первыми ранней весной на Бирючем появляются сумчатые грибы. Среди бурых прошлогодних листьев ярко-красными пятнышками выделяются саркосцифы. Эти грибы имеют чашевидные плодовые тела и могут произрастать как на почве, так и на опавших ветвях. В отдельные годы наблюдаются довольно большие скопления сморчков и строчков.
Чаще других встречаются сморчки съедобный и конический, строчки обыкновенный и гигантский. Значительно количество видов болетовых грибов. Это прежде всего белый гриб, который имеет несколько разновидностей. Более обильны подберезовики и подосиновики. В большом количестве представлены моховики (трещиноватый, зеленеющий и др.). Отмечены дубовики, маслята.
Большим разнообразием отличаются пластинчатые грибы. Наиболее многочисленны виды сыроежек, кото-рые обильно произрастают в течение всего лета. Много и мухоморов: красный, пантерный, серо-розовый, бледная поганка. Среди грибов с крупными плодовыми телами — грибы-зонтики, чаще других встречается зонтик пестрый. Ведьмины круги дают луговой опенок, некоторые виды коллибий. В отдельные годы довольно часто встречается чесночник малый.
Группами и в виде отдельных плодовых тел повсеместны навозники. Распространены свинушки, шампиньоны, грузди. К определенным местам приурочены лисички и кратереллы. Из гастеромицетов обильны дождевики.
Заслуживают внимания надревные макромицеты. Это прежде вcero трутовики: настоящий приуроченный преимущественно к березе), ложный (отмеченный на грабе),лакированный (тоже связан с грабом); на разных лиственных породах встречаете трутовик чешуйчатый и сернисто-желтый. Особого внимания заслуживает редкий вид трутовик разветвленный.
На пнях и опавших ветвях постоянны разные виды плютеев, чешуйчаток и несколько видов опят. Большим разнообразием видов представленыдереворазрушающие грибы.
Некоторые виды грибов лесостепной зоны Украины и Бирючего, от до конца косы Федотова, занесены в «Красную книгу». Это трутовик разветв ленный, мутинус собачий, гериций коралловидный.
В биогеоценозах заповедника отмечены две экологические группировки лишайников: лишайники на почве и на деревьях. На почве произрастают кладония, пельтигера, на деревьях - леканора, опеграфа, графис, пармелия, эверния, рамалина, ксантория, фисция.
